凝膠色譜儀原理是根據樣品分子尺寸大小進行分離。凝膠色譜儀色譜柱的填料是凝膠，凝膠表面呈惰性，含有許多不同尺寸的孔穴。凝膠的孔穴僅允許直徑小于孔徑的組分分子進入，這些孔對于流動相分子來說是相當大的，以致流動相分子可以自由地擴散出入。不同大小的組分分子可以分別滲入到凝膠孔穴的不同深度，大的組分分子可以滲入到凝膠的大孔內，但進不了小孔甚至被完全排斥。小的組分分子，大孔和小孔都可以滲入，甚至進入很深，一時不易洗脫出來。大的組分分子在色譜柱中停留時間較短，很快被洗脫出來，洗脫體積很小。小的組分分子在色譜柱中停留時間較長，洗脫體積較大，直到所有孔內的最小分子到達色譜柱出口，完成按分子大小的分離過程。

凝膠色譜儀廣泛用于大分子的分級，即分析大分子物質相對分子質量的分布。

凝膠色譜系統主要組成部件：

    輸液泵

    進樣閥

    GPC凈化柱

    檢測器

    餾分收集器

凝膠色譜系統應用領域：

    農產品、食品（農殘、藥殘）和環保

    農殘：蔬菜、水果、谷物、飼料、肉類、水產品、

    茶葉、蜂蜜 

    二氧雜環：奶類

    黃曲霉素：奶類、食油

    多環芳烴（PHAs）：污水、土壤

    多氯聯苯（PCBs）：廢水